Door menselijk toedoen heeft de natuur in Spanje, gedurende meer dan 2000 jaar, radicale veranderingen ondergaan. Het waren de Romeinen die begonnen met het kappen van de bossen, die tot dan toe meer dan de helft van de meseta besloegen. Ontbossing heeft samen met teveel bebouwing en overbegrazing (vooral door grote schaapskuddes ) geleid tot erosie van de bovengrond. De meeste van de vruchtbare Donana draslanden en de 300km² delta van Río Ebro zijn gevormd door geërodeerd land. Stedelijke en industriële groei, toeristische ontwikkeling aan de kusten en de bouw van honderden dammen voor waterkracht en irrigatie hebben tot verdere veranderingen geleid. Ook zijn door de eeuwen heen populaties van vele diersoorten (wildlife) drastisch afgenomen door jacht en verlies aan leefgebied.

Het goede nieuws is dat wind en zonne-energie in opkomst zijn. Investeerders kopen braakliggend land om zonne-energie parken op te bouwen. Windenergie krijgt minder staatssteun, maar in belangrijke gebieden zoals Galicië (deze regio neemt de zesde plaats in de wereld in op het gebied van windenergie productie), Asturië, noord Catalonië en de gebieden rond Tarifa in Andalucië, zijn windmolens in overvloed.

Behoud van natuur. In de post- Franco periode in het jaar 1980 nam het milieubewustzijn een grote sprong voorwaarts. De Partido Socialista Obrera Espanol (PSOE) regering stimuleerde acties van de regionale overheden, die nu de verantwoordelijkheid hebben voor de meeste milieuzaken. Spanje had in 1981 maar 35 milieu beschermde gebieden van 220 km2. Nu zijn het er meer dan 400 van 40.000 km2. De verschillende regio’s hebben echter verschillende prioriteiten ten aanzien van het behoud van deze gebieden. Andalucië heeft meer dan 80 beschermde gebieden, terwijl Extramadura er maar drie heeft. Daarnaast zijn deze gebieden ook niet altijd even goed beschermd. Vaak komt dit doordat de ecosystemen buiten hun grenzen reiken. Milieudeskundigen hebben het ook nog steeds moeilijk met illegale bouwwerken, steengroeven en het jagen in de verschillende beschermde gebieden. Volgens het International Union for Conservation of Nature (IUCN) Red List of Threatened Species, dreigen  35 gewervelde diersoorten (inclusief 15 vogels en 20 zoogdieren) en 135 ongewervelde diersoorten in Spanje uit te sterven. Op het vasteland en de Balearische eilanden dreigen van de 8000 diersoorten er 49 uit te sterven. Planten worden bedreigd door factoren als omploegen en grazen van dieren, maar ook door toerisme.

Water. Het grootste natuurprobleem van Spanje is de droogte. Dit gebeurt ondanks het feit dat er gigantisch is geïnvesteerd in reservoirs ( het aantal reservoirs ligt rond de 1300) en projecten zoals het Tajo-Segura water division system, dat 600 miljoen kubieke meter water verplaatst van water bassins in centraal Spanje naar de geïrrigeerde regio’s van Valencia . Alhoewel de vele dammen en reservoirs voor irrigatie en waterelektriciteit zorgen (waardoor de behoefte aan nucleaire energie of zelfs slechtere vormen van energie voorziening, worden verminderd), worden de leefgebieden vernietigd.

Intensieve landbouw en de uitbreiding van steden en dorpen (waaronder resorts voor toeristen) hebben ervoor gezorgd dat de grondwaterstand in sommige gebieden is gedaald. Het verbouwen van groenten onder plastic in het zuidoosten, vooral in Almería, door middel van groeimiddelen, bestrijdingsmiddelen en het oppompen van grondwater, zorgt ervoor dat de bronnen opraken. Naast de landbouw verbruikt toerisme het meeste water. Ironisch genoeg is het zuiden de regio die het meeste water verbruikt (dit is ook de regio die dit zich juist het minst kan veroorloven). Vooral golfbanen zijn een probleem in dit gebied. Een gemiddelde 18-hole baan verbruikt evenveel water als een stad met 20.000 inwoners. Ondanks dit feit, komen er steeds meer golfbanen bij en willen steeds meer toeristen golfen in Spanje.

Andere problemen met de natuur. De ontwikkelingen aan de kust, vaak slecht gecontroleerd, hebben de meeste  kustgebieden verslechterd. De ontwikkelingen hebben ook bijgedragen aan het stijgen van de vervuiling van het zeewater, alhoewel de dreiging van het afvalwater wel is verminderd. Het bouwen aan de kust van Spanje is extreem gegroeid in de afgelopen jaren. Vooral door het kopen van een tweede huis. In het Zuidelijke gebied van Andalucië is 59% van het kustgebied al verstedelijkt. De bouw en vastgoedsector maken ook steeds meer plannen. Hoewel de crisis van 2008 wel wat roet in het eten heeft gegooid.

De stranden van Spanje krijgen nog steeds veel blauwe vlaggen (www.bleuflag.org). Dit houdt in dat ze voldoen aan de minimum eisen van hygiëne, faciliteiten en milieu management. Valencia, Granada en Madrid hebben de meest vervuilde lucht in Spanje. Dit komt vooral door de uitstoot die het verkeer veroorzaakt.